TW II funktioniert komplett anders, als sein Vorgänger. So spielt nicht mehr jeder Spieler für sich bzw. in einem Clan - diesmal heißt es GDI VS Nod. Also Teamplay! Und es gibt sogar ein Missionsziel, nämlich ein bestimmtes Objekt des Gegners auf der Karte zu zerstören, während man gleichzeitig darauf achten muss, dass das eigene geschützt wird. Dazu können die eigenen Truppen auf der Karte frei bewegt werden und befinden sich nicht mehr nur in der Basis oder "irgendwo" auf Mission, wie bei TW I. So wird es auch das lästige "saven" nicht mehr geben. Des weiteren kann nun auch die komplette eigene Basis auf eine andere Koordinate verlegt werden, um z.B. seine Truppen dort zu produzieren, wo sie benötigt werden, oder um eine schnellere Ressourcengewinnung zu gewährleisten, indem man näher an ein Tiberiumfeld heranrückt. Achja diese können übrigens durch truppen bewacht werden, so dass gegnerische Sammler zerstört werden! Aber Vorsicht: Wagt ihr euch mit eurer Basis zu weit in feindliches Gebiet, so kann es leicht passieren, dass diese niedergewalzt wird und ihr respawnen müsst! Dabei wird eure Basis zwar nicht zurückgesetzt, aber ihr startet wieder fern ab vom Geschehen und habt weite Wege!

Diesmal wird viel Wert auf Grafik gelegt, so seht ihr eure Basis z.B. wie im echten Tiberium Konflikt von 1995 und könnt sogar manche Gebäude individuell plazieren.